Por lo tanto despues de investigar, modificar script o soluciones en la Web.

Mi mejor solucion fue

Utilizar la Herramienta de Systernals PSEXEC, para esto cree un scrip que detallo a continuacion

Advertencia

El usuario debe tener derechos de administrador sobre el servidor o computadora donde debe correr el comando

Scrip que ejecuta comando remoto
@echo
echo Running Command Remotely // Corriendo comando remoto
echo.
PSEXEC.exe \\IP_DEL_SERVER – “DOMINIO\user” – p “Passw0rd” path_donde_esta_El 2do_scrip

Scrip que ejecuta comando local

@echo off
echo This will stop Exchange server
echo.
net stop msexchangeadtopology /y
net stop msftesql-exchange /y
net stop msexchangeis /y
net stop msexchangesa /y
net stop iisadmin /y

echo this will Shutdown Servers
echo.
shutdown -s -m IP_DEL_SERVER1 -t 10
shutdown -s -t 15
shutdown -s -m IP_DEL_SERVER2 – 10

De esta manera pude solucionar el problema de apagado correctamente y NO tener problemas con la base de Exchange